Penjaminan Mutu Program Studi dilakukan melalui dua sisi, baik sisi internal maupun sisi eksternal. Dari sisi internal, sistem penjaminan mutu diawasi oleh Tim Pelaksana Penjamin Mutu (TPPM) yang tertuang dalam struktur organisasi yang dibentuk berdasarkan Keputusan Rektor Unud No. 1167/UN14/PD/2018 tertanggal 14 Agustus 2017. Kegiatan TPPM dalam membantu prodi menetapkan indikator mutu didasarkan pada buku evaluasi diri dan renstra yang telah dibuat oleh prodi dan dokumen Penjaminan Mutu oleh FK Unud dengan kode PM-PSP-038 tanggal 20 Agustus 2015, serta Kebijakan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Universitas Udayana tahun 2016 yang mengacu pada Standar Nasional Pendidikan Tinggi.
TPPM melakukan monitoring dan evaluasi terhadap pencapaian indikator mutu dengan pengumpulan data objektif maupun subjektif melalui kuesioner-kuesioner khusus. Kegiatan ini dilaksanakan secara rutin dan berkelanjutan minimal 1 tahun sekali. Hasil monitoring ini disampaikan dalam suatu laporan tertulis yang diteruskan ke UPM-FK maupun ke Koprodi guna meningkatkan mutu dan keberlangsungan program studi. Mutu program studi juga dinilai oleh badan penjamin mutu eksternal melalui penilaian akreditasi seperti penilaian akreditasi.
Kegiatan monitoring dan evaluasi TPPM difokuskan kepada indikator mutu yang dibuat dengan mengacu kepada renstra dan prinsip Tri Dharma Perguruan Tinggi, yakni pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat. Monitoring dan evaluasi (monev) sendiri dilakukan pada keempat tahap pendidikan setiap 1 (satu) tahun sekali dan dilaporkan dalam laporan tahunan kepada Koordinator Program Studi dan Unit Penjaminan Mutu FK. Buku laporan TPPM ini akan dievaluasi dari tahun ke tahun.